基于结构的药物设计还包括基于片段的药物设计,基于片段的药物设计是指以蛋白质结构为基础,从药物片段为出发点,在片段上进行官能团的偶联或替换,实现全新药物设计的目的。基于片段的药物设计主要包括以下模块:
DS Ludi
全新药物分子设计工具。使用Ludi 来发现新的具有潜在活性的化合物,可节省研究者大量的时间。Ludi 强大的设计工具允许使用者在实验分析之前模拟筛选,并允许对已有的化合物进行改造。Ludi易于操作,它包含有drug-like 片段库,同时也允许用户将自己的分子片段加入到片段库中。
DS De Novo Evolution
在Ludi 算法基础上发展而来的基于受体的小分子药物从头设计方法。在给定母核结构的情况下,DS De Novo Evolution 可以自动地为研究人员设计潜在的与受体有高亲和力的全新小分子化合物,大大缩短了全新小分子药物发现及改造的周期,是设计Me-Better 类药物分子的有力工具。
DS MCSS
基于片段的小分子药物从头设计工具。可以将多个分子片段同时对接进入蛋白质的结合位点,寻找片段的最佳结合位置区域,是强有力的全新药物设计工具,也可